Selepas kiamat semula jadi, sungai melimpahi tebingnya dan jalan-jalan di bandar-bandar bertukar menjadi terusan. Anarki sepenuhnya telah datang, pihak berkuasa lumpuh, semua orang mesti bertahan sebaik mungkin. Wira permainan Hydro Storm 2 tidak asing lagi dalam berjuang untuk hidup. Dia sudah memperoleh skuter air laju dan bersedia untuk melaksanakan sebarang misi.